1997 m. spalio 13 d. Akmenės rajono centrinė ligoninė, turėjusi 274 lovas, buvo reorganizuota į Viešąją įstaigą Naujosios Akmenės ligoninę. Steigėjas – Akmenės rajono savivaldybė.
Nuo to laiko ligoninėje daug kas keitėsi: įkurta konsultacijų poliklinika, reanimacijos skyrius, kuris sujungtas su operacinės skyriumi. Dėl Lietuvoje vykstančių reformų uždaryti tuberkuliozės, akušerijos, infekcinių ligų skyriai. Kad būtų patenkinti sergančiųjų poreikiai, 5 lovos, skirtos gydyti sergančiuosius infekcinėmis ligomis, perkeltos į Vidaus ligų skyrių. Į chirurgijos skyrių perkelta po 2 lovas gydyti moterims su nėštumo patologija ir sergančioms ginekologinėmis ligomis.
2009 m. gruodžio 7 d. pasirašytas Lietuvos Respublikos nutarimas Nr. 1654 ,,Dėl sveikatos priežiūros įstaigų ir paslaugų restruktūrizavimo trečiojo etapo programos patvirtinimo“. Juo remiantis nuo 2010 m. balandžio 1 d. mūsų ligoninė priskirta rajono lygmeniui, todėl nustota teikti stacionarines chirurgijos, neurologijos II, endokrinologijos II, infektologijos, LOR, nėštumo bei akušerinės ginekologijos ir reanimacijos II paslaugas.
Šiuo metu ligoninėje veikia skubios pagalbos ir konsultacijų, palaikomojo gydymo ir vidaus ligų, vaikų ir odontologijos skyriai.